肛门隐痛的治疗方法会根据病情的不同而确定。一般是对便秘进行调理，减少大便对肛门的刺激。

　　　　肛门隐痛可能是大便过干，引起的肛周皮肤裂口，皲裂等，形成肛裂而出现疼痛的感觉。可以使用开塞露辅助排便，或者多喝水，软化大便，以减少对肛门的刺激，严重的话可以采用扩肛手术或者对肛裂的地方进行切除。

　　　　此外，还有可能是因为肛门内存在异物或者息肉所引起的，例如体内存在鱼刺或者小骨头，在排便的时候就会刺激肛门。平时需要注意对肛门的清洁，减少细菌的残留，饮食也需要注意，避免狼吞虎咽，造成鱼刺残留体内。

　　　　另外，得了痔疮和肛周皮肤炎症也会有肛门隐痛的感觉，可以用盐水或1:5000高锰酸钾溶液坐浴，外用马应龙麝香痔疮膏或莫匹罗星软膏等治疗，以上药物应在医生指导下应用。

　　　　如果经常出现肛门隐痛，应该及时到医院就诊，明确诊断后予以合适治疗。